Секретаріат є постійним адміністративним органом даної організації, який здійснює організаційно-технічне і інформаційне забезпечення заходів, що проводяться в її рамках. У його основні функції входить:

1.Вивчення і узагальнення пропозицій, що поступають від держав-членів, і матеріалів до порядку денного засідань органів цієї Організації, підготовка на цій основі пропозицій для нарад національних Координаторів про порядок денний, терміни і місце проведення цих засідань;

2.Організація консультацій представників держав-членів по проектах документів, що представляються для розгляду на засіданнях органів нашої Організації;

3.Организационно-техническое забезпечення засіданні органів ШОС у взаємодії з урядом держави, в якій проводиться засідання;

4.Участь в підготовці проектів документів по забезпеченню виконання вирішень органів ШОС;

5.Підготовка і випуск інформаційного бюлетеня, створення і підтримка роботи веб-сайту;

6.Розробка проектів планів роботи органів ШОС і винесення їх на затвердження Ради національних координаторів;

7.Протокольне забезпечення діяльності органів ШОС і Виконавчого секретаря;

8.Підготовка пропозицій по фінансовому забезпеченню діяльності Організації і Секретаріату, надання доповідей про бюджет і його виконання, здійснення повсякденного контролю за ситуацією зі вступом внесків, виконання бюджету Організації, а також витрачання засобів що виділяються на вміст Секретаріату;

9.Підтримка робочих зв'язків і контактів з іншими міжнародними організаціями і державами по воросам, що стосується діяльності Організації;

10.Організація наукових конференцій;

Витрати на вміст Секретаріату виділяються з бюджету Організації. Бюджет складається відповідно до обов'язкових пайових пропорційних внесків держав-членів і витрачаються на здійснення діяльності її постійних органів.

Держави-члени направляють в Секретаріат своїх постійних представників, які входять в дипломатичний склад посольств, акредитованих в Китаї. Постійні представники відбираються і призначаються з числа співробітників високого дипломатичного рангу, що направляються на підставі наявних в кожній державі внутрішніх правил і процедур. До основних обов'язків постійних представників відноситься:

1.Забезпечення прав і інтересів представників, направлених даною державою;

2.Участь в роботі по обговоренню, розгляду і узгодженню проектів документів що виносяться Секретаріатом на наради органів ШОС, включаючи участь у виробленні проектів питань порядку денного засідань органів ШОС;

3.Участь в реалізації рішень, прімаємих на засіданнях органів ШОС;

4.Напрям державам-членам звітів про роботу, виконану Секретаріатом;

5.Здобуття інформації по Секретаріатом, що направляється, запитам, що стосуються внутрішньої, зовнішньої політики і безпеки в регіоні, а також сприяння в наданні країні перебування відповідної інформації;

6.Сприяння Виконавчому секретареві і його заступникам в справі встановлення контактів з сооветствующимі органами держави, що направила їх.